As origens do município de Amaturá se prendem às de São Paulo de Olivença que remontam à missão de São Paulo Apóstolo.
Fundada pelos jesuítas que catequizavam os indígenas da bacia do rio Solimões, em fins de séc. XVII, passadas as disputas entre espanhóis e portugueses para o domínio da região com a vitória destes últimos, a antiga missão de São Paulo Apóstolo, depois aldeia de São Paulo dos Cambebas, vem a ser sede de município, desmembrado de Tefé e com a denominação de São Paulo de Olivença.
O território passa por vários desmembramentos dando origem aos municípios autônomos de Benjamin Constant e Santo Antônio do Içá. Em 1968, é enquadrado como área de segurança nacional.
Amaturá possui sua história ligada ao município de Jutaí e São Paulo de Olivença, pois emancipou-se do mesmo em 1981.
De acordo com historiadores locais, o nome ‘Amaturá’ provem da linguagem local onde índios, principalmente das etnias Cocama e Cambeba, chamavam um antigo cesto utilizado para carregar várias coisas, de Aturá, posteriormente a pronuncia foi modificada para Amaturá, segundo conta o Frei da ordem dos Capuchinhos Menores Henrique Sampalmiere em seu livro “Os Segredos da Selva”.
